دينياً: اعتماد( الإسلام ) دين الدولة، وفرض (الشريعة والثقافة الإسلاميتين) بطرق غير مباشرة على المسيحيين ووجود العديد من القوانين التي تحد من النشاطات الخاصة بالأقباط و تقيد حريتهم الدينية والاجتماعية (حرية بناء الكنائس وممارسة شعائرهم المسيحية،خطف فتيات قبطيات للزواج منهن وإجبارهن على اعتناق الإسلام، رفض تعديل قوانين الأحوال الشخصية بما يحفظ ويضمن الحقوق الدينية والاجتماعية للأقباط المسيحيين ).
انسانياً: مسلسل أعمال العنف والاعتداءات المسلحة التي تقوم بها جماعات اسلامية متطرفة ضد الأقباط العزل. فبحسب مركز (ابن خلدون): وقع أكثر من 4000 قتيل وجريح قبطي بدون سبب سوى لكونهم مسيحيين، منذ حادثة الخانكة 8-9- 1972 عدا الأضرار بالممتلكات تقدر بعشرات الملايين من الدولارات.يبدو أن الهدف الاستراتيجي من تضييق الخناق على الأقباط المصريين هو فرض (العروبة والإسلام) عليهم، أو دفعهم الى الهجرة وترك وطنهم، تطبيقاً لسياسة طمس وتذويب شعب مصر الأصيل(الأقباط)، كما هو الحال في تعاطي (العرب المسلمين) مع بقية الشعوب الأصيلة في المنطقة كالآشوريين(سريان/كلدان) والآراميين والفينيقيين في كل من لبنان وسوريا (بلاد الشام) وبلاد الرافدين، حتى تبدو هذه المناطق (مراكز الحضارات القديمة في الشرق) كما لو أنها كانت أرض قاحلة خالية قبل غزو العرب المسلمين لها.
مع تصاعد أعمال العنف والاعتداءات المسلحة، في السنوات الأخيرة، ضد الأقباط واستمرار الحكومات المصرية في انتهاج سياسة التمييز العنصري مع المسيحيين عامة وغض النظر عن الوضع المأساوي لهم وانحيازها الى جانب المعتدين الإسلاميين، تبقى (المشكلة القبطية) مرشحة للتفاقم والانفجار وتنذر بإشعال حرب طائفية بين الأقباط المسيحيين والعرب المسلمين(زيادة الضغط يولد الانفجار). إذ، من المتوقع أن تدفع هذه الأوضاع المأساوية الأقباط باتجاه تأسيس احزاب وحركات قبطية داخل مصر تتولى الرد على التعديات التي يتعرضون لها، طالما تخلت الدولة عنهم. وقد بدأت تتنشط المنظمات والمؤسسات القبطية في المهجر من أجل تحريك (الراي العام العالمي) باتجاه معانات اقباط مصر، ولأجل هذا الغرض عقدت مؤتمرات قبطية دولية ( في زيوريخ عام 2004 وفي واشنطن 2005) وتعد هذه المؤتمرات أولى الخطوات باتجاه (تدويل) القضية القبطية في مصر.
جدير بالذكر أن أول مؤتمر قومي/ ديني للأقباط كان باسيوط عام 1911 وفيه صاغوا لأول مرة جملة من المطالب السياسية منها: زيادة التمثيل القبطي في المجالس المنتخبة والمساواة في إسناد الوظائف الإدارية وتخصيص الموارد المالية، الخ.